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《規劃》立足自貿試驗區產業發展基礎，突出福建省對臺產業合作和實施“海絲”戰略兩大特色，積極對接“互聯網+”和實施“中國制造2025”行動計劃，提出重點發展商貿服務、航運服務、現代物流、金融服務、新興服務、旅游服務和高端制造七大產業集群，集聚發展總部經濟、平臺經濟、離岸經濟等新業態，加快產業轉型升級，深化功能創新，打造福建產業發展新高地。
據福建省發展和改革委員會副主任張福壽介紹，《規劃》明確平潭、廈門、福州等三個片區強化特色，差異、協調發展，形成福建自貿區的整體合力。其中，平潭片區布局港口經貿區、高新技術產業區和旅游商貿休閑區3個功能區，著力打造對臺投資貿易自由先行區、服務臺胞生產生活示范區、兩岸高端制造業融合發展平臺和國際旅游島，并逐步向國際自由港拓展。
廈門片區布局兩岸貿易中心核心區、東南國際航運中心海滄港區2個功能區，著力打造東南國際航運中心、兩岸貿易中心、兩岸區域性金融服務中心及新興產業和現代服務業合作示范區。
福州片區布局福州經濟技術開發區和福州保稅港區2個功能區，著力打造面向國際的先進制造業基地、21世紀海上絲綢之路沿線國家和地區經貿合作的重要平臺、兩岸服務貿易合作示范區、兩岸金融創新合作示范區。
《規劃》提出福建自貿區產業發展總體目標：到2019年，培育形成一批具有國際競爭力的現代服務業和高端制造業產業集群，基本建設區域性國際航運物流中心、區域性國際貿易中心、兩岸金融服務中心、兩岸新興服務業合作示范區、國際休閑旅游目的地和兩岸高端制造業基地。
